查繼佐出身于小地主家庭。他五歲開始跟父親讀四書，七歲跟母親學詩。他的母親沈氏是處士沈宗武的女兒，通音韻反切之學，工詩文。查繼佐學習十分刻苦。十一歲時，他在臨近一個學館就讀，午間不能回家吃飯，早晨要帶粉餌去作為午餐。他往往一面走路，一面高聲朗誦讀過的書，有時把粉餌撒在沿路都全然不知。十二歲時，他到遠處讀書，住在學館，要自己做飯吃。由于他努力學習，十五歲就“文譽日起”。

二十歲時，查繼佐家道中落，開始在當地做塾師維持生活。由于他聲譽很高，富家望族都搶著聘請他。他一面教書，一面讀書。三十三歲時，他考中舉人后，寄居西湖南屏，讀書，講學，直到明朝滅亡，方懷著“亡國”的隱痛，回到自己的家鄉。

查繼佐不僅是一個學問淵博，在史學上很有成就的學者，而且是一個具有高度民族氣節的抗清志士。公元1645年閏六月，魯王朱以海在紹興稱“監國”。他聽到消息后，毅然渡江去參加了魯王政府。他在魯王政府，初任兵部職方主事，監鄭義興軍，后遷職方員外兼御史監軍，官至兵部職方司郎中。在魯王監國的一年中，查繼佐在浙東地區親自率軍抗擊清軍。多有所獲。為了西征，他費盡心血。親自組織兵力，派人設間行探，秘密聯絡太湖等地義旅，互相接應。可惜當時魯王政府內部分裂，政治腐敗。他的主張處處遭到掣肘，未能實現。

公元1646年六月，清軍攻占紹興，魯王政府復亡，查繼佐輾轉回到家鄉海寧，發憤著書立說。公元1652年，查繼佐52歲，離家到西湖覺覺堂講學，旋又主講杭州鐵冶嶺之敬修堂。各省學子不遠千里前來就學，成一時講學之盛。從此，查繼佐一面講學，一面著書，一直到去世。

查繼佐一生寫過很多種書。沈起《查東山年譜》說查繼佐“全集一百二十冊，約八千余頁”。其中大部分是歷史書，特別是關于明清易代之際的歷史書。可惜大部分已經散佚，現流傳下來的只有《罪惟錄》、《魯春秋》、《東山國語》，《釣業》數種而已。