南唐開國時，因為多才藝，先主李昪任命他為秘書郎，讓他與太子李璟交游。后來李璟為元帥，馮延巳在元帥府掌書記。李璟登基的第二年，即保大二年(944年)，就任命馮延巳為翰林學士承旨。到保大四年(946年)，馮延巳終于登上了宰相的寶座。第二年，陳覺、馮延魯舉兵進攻福州，結果死亡數萬人，損失慘重。李璟大怒，準備將陳覺、馮延魯軍法處死。馮延巳為救兩人性命，引咎辭職，改任太子太傅。保大六年(948年)，出任撫州節度使。在撫州呆了幾年，也沒有做出什么政績。到了保大十年(952)，他再次榮登相位。

延巳當政期間，先是進攻湖南，大敗而歸。后是淮南被后周攻陷，馮延魯兵敗被俘，另一宰相孫晟出使后周被殺。958年，馮延巳被迫再次罷相。當時朝廷里黨爭激烈，朝士分為兩黨，宋齊丘、陳覺、李征古、馮延巳等為一黨，孫晟、常夢錫、韓熙載等人為一黨。幾次兵敗，使得李璟痛下決心，鏟除黨爭。于958年下詔，歷數宋齊丘、陳覺、李征古之罪，宋齊丘放歸九華山，不久就餓死在家中，陳覺、李征古被逼自殺。至此，宋黨覆沒。而馮延巳屬于宋黨，居然安然無恙，表明李璟對馮延巳始終信任不疑，也可能是馮延巳作惡不多。罷相兩年后，即公元960年，馮延巳因病去世，終年五十八歲。也就是這一年，趙匡胤奪取天下，建立起北宋王朝。再過一年(961)，李璟去世，李煜即位。